История развития хранилищ для нефти: Первые склады нефти появились в XVII веке. Они представляли собой землянные ямы-амбара глубиной 4…5 м...
Особенности сооружения опор в сложных условиях: Сооружение ВЛ в районах с суровыми климатическими и тяжелыми геологическими условиями...
Топ:
Теоретическая значимость работы: Описание теоретической значимости (ценности) результатов исследования должно присутствовать во введении...
Оснащения врачебно-сестринской бригады.
Методика измерений сопротивления растеканию тока анодного заземления: Анодный заземлитель (анод) – проводник, погруженный в электролитическую среду (грунт, раствор электролита) и подключенный к положительному...
Интересное:
Лечение прогрессирующих форм рака: Одним из наиболее важных достижений экспериментальной химиотерапии опухолей, начатой в 60-х и реализованной в 70-х годах, является...
Принципы управления денежными потоками: одним из методов контроля за состоянием денежной наличности является...
Мероприятия для защиты от морозного пучения грунтов: Инженерная защита от морозного (криогенного) пучения грунтов необходима для легких малоэтажных зданий и других сооружений...
Дисциплины:
2019-11-28 | 259 |
5.00
из
|
Заказать работу |
|
|
Оглавление
1. Биоинформатический инструмент…………………………………...……3
1.1. Программные коды всех использованных в работе скриптов………….3
1.2. Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности……………………………………………………….6
1.3. Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов……………………………………………………………..7
1.4. Последовательности PAM-сайтов, визуализированных с помощью WebLogo3………………………………………………………………….8
1.5. Отчета с анализом результатов работы инструмента и сопоставление полученных данных с литературными………………………………….9
2. I n vitro система………………………………………………………………10
2.1. Описание созданной системы и общего принципа действия………..10
2.2. Общая схема эксперимента с указанием основных этапов создания и тестирования системы…………………………………………………..12
2.3. Файлы с картами созданных генетических конструкций в формате gb…………………………………………………………………………13
2.4. Список необходимых реактивов и оборудования……………………16
2.5. Протоколы процедур для выполнения в лаборатории……………….19
3. Список литературы ……………………………………………………….27
Биоинформатический инструмент
Программные коды всех использованных в работе скриптов
Скрипт поиска последовательностей геномов, предназначен для определения координат заданных геномных последовательностей в файле.
Характеристики скрипта
Размер кода программы - 1,51 КБ
Количество строчек кода - 52
Код програмы:
text = input("Введите путь к файлу: ")
piece_of_text = input("Введите последовательность знаков: ")
output = input("Введите название нового файла: ")
numbers = [str(x) for x in range(10)]
|
len_of_piece = len(piece_of_text)
genom = []
beg = 0
numb = 0
new_text = ""
file = open(text, "r")
for string in file:
for number in numbers:
if number in string:
string = string.replace(number, "")
string = string.replace(" ","")
string = string.strip()
new_text += string
len_new_text = len(new_text)
numb_mas = []
while True:
numb = new_text.find(piece_of_text, beg)
if numb == -1:
break
genom += new_text[numb - 10: numb], new_text[(numb + len_of_piece): (numb + (len_of_piece - 1) + 11)]
beg = numb + 1
numb_mas.append(numb)
genom = " ".join(genom)
print(numb_mas)
piece_of_text = piece_of_text[::-1]
print(piece_of_text)
while True:
numb = new_text.find(piece_of_text, beg)
if numb == -1:
break
genom += new_text[numb - 10: numb], new_text[(numb + len_of_piece): (numb + (len_of_piece - 1) + 11)]
beg = numb + 1
numb_mas.append(numb)
genom = " ".join(genom)
file.close()
new_file = open(output, "w")
new_file.write(str(genom))
new_file.write(str(numb_mas))
new_file.close()
print('Ваш файл сохранен.')
Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности
Streptococcus pyogenes GCF_001635895
NZ_CP013838_2 спейсер 5(846495-846560)
TTAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus pyogenes GCF_001635895
NZ_CP013838_4 спейсер 9(1222847 -1222912)
ACTAGATTCGCCTCACGCTCTCCTCGCCAAATTT обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus pyogenes GCF_001635975
NZ_CP013840_2 спейсер 3(790897-790962)
TAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus pyogenes GCF_001020185
NZ_CP011535_2 спейсер 3(1100792-1100857)
GGAAAGCAGGAGAAAGGACGTTAATATGTC обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus mutans GS-5 34
NC_018089_2 34 спесер (1420125...1420185)
CATTAAAGCCTGAAGCAGTAGATGAGATTGACA обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus mutans NN2025 60
NC_013928_2 60 спесер (746697...746762)
GCACTACAAGACGGCTATTGCTGATGAAGT обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus mutans UA159
NC_004350_1 3 спесер (1328012...1328077)
CTAACTATGATGACACAACAGCTTTTAGCG обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus thermophilus ASCC 1275 GCF_000698885
NZ_CP006819_4 12 спесер(823708...823773)
CATAGAGTGGAAAACTAGAAACAGATTCAA обнаружен в геноме исследуемого фага
Streptococcus thermophilus ASCC 1275 GCF_000698885
NZ_CP006819_4 14 спесер (823840...823905)
GAGCGAGCTCGAAATAATCTTAATTACAAG обнаружен в геноме исследуемого фага
Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов
Streptococcus phage APCM01
CATTAAAGCCTGAAGCAGTAGATGAGATTGACA (30481...30513)
Streptococcus phage APCM01
GCACTACAAGACGGCTATTGCTGATGAAGT (1571...1600)
|
Streptococcus phage M102
CTAACTATGATGACACAACAGCTTTTAGCG (13449...13478)
Streptococcus phage 20617
CATAGAGTGGAAAACTAGAAACAGATTCAA (7663...7692)
Streptococcus phage 20617
GAGCGAGCTCGAAATAATCTTAATTACAAG (27571...27600)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
TTAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC (13215...13244)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
ACTAGATTCGCCTCACGCTCTCCTCGCCAAATTT (1320...1353)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
TAGAGGCCTATTTCACAGACAAAGACATC (13216...13244)
Streptococcus pyogenes phage 315.3
GGAAAGCAGGAGAAAGGACGTTAATATGTC (17995...18024)
Оглавление
1. Биоинформатический инструмент…………………………………...……3
1.1. Программные коды всех использованных в работе скриптов………….3
1.2. Найденные в бактериальных геномах спейсерные последовательности……………………………………………………….6
1.3. Координаты протоспейсеров после картирования на геномы бактериофагов……………………………………………………………..7
1.4. Последовательности PAM-сайтов, визуализированных с помощью WebLogo3………………………………………………………………….8
1.5. Отчета с анализом результатов работы инструмента и сопоставление полученных данных с литературными………………………………….9
2. I n vitro система………………………………………………………………10
2.1. Описание созданной системы и общего принципа действия………..10
2.2. Общая схема эксперимента с указанием основных этапов создания и тестирования системы…………………………………………………..12
2.3. Файлы с картами созданных генетических конструкций в формате gb…………………………………………………………………………13
2.4. Список необходимых реактивов и оборудования……………………16
2.5. Протоколы процедур для выполнения в лаборатории……………….19
3. Список литературы ……………………………………………………….27
Биоинформатический инструмент
|
|
Общие условия выбора системы дренажа: Система дренажа выбирается в зависимости от характера защищаемого...
История развития пистолетов-пулеметов: Предпосылкой для возникновения пистолетов-пулеметов послужила давняя тенденция тяготения винтовок...
Папиллярные узоры пальцев рук - маркер спортивных способностей: дерматоглифические признаки формируются на 3-5 месяце беременности, не изменяются в течение жизни...
История создания датчика движения: Первый прибор для обнаружения движения был изобретен немецким физиком Генрихом Герцем...
© cyberpedia.su 2017-2024 - Не является автором материалов. Исключительное право сохранено за автором текста.
Если вы не хотите, чтобы данный материал был у нас на сайте, перейдите по ссылке: Нарушение авторских прав. Мы поможем в написании вашей работы!